LA STRUCTURE DE LA MOLECULE D’ADN

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TP 8  LA STRUCTURE DE LA MOLECULE D’ADN

1. QUELLE EST L’ALLURE GLOBALE DE LA MOLECULE ? Ouvrir le fichier  « adn-hum4.pdb »

Voir la molécule d’ADN sous différents angles pour déterminer sa forme globale et son organisation spatiale. Modifier le mode d’affichage :  en boule, en sphères, en bâtonnets et en ruban[pic 10]

        Visualiser les chaines qui participent à la constitution de l’ADN :

[pic 11]

                                 Dans le menu Atomes : Colorier par chaîne

                                Puis afficher les rubans.

Coller l’image (après avoir changé le fond en blanc) Utiliser le logiciel

printkey$ et la touche Imprécr syst du clavier

questions : de combien de chaines est constituée l’ ADN ?...............................

comment se présentent-t-elles ? ……………………………………………………………………..

quelle est sa dimension : sa largeur est de ? …………angstrœms (A°)  (1 A° = 10-10 m)

2 . QUELLES SONT LES UNITES MOLECULAIRES QUI CONSTITUENT LE BRIN D’ADN ?

Ouvrir les dossier s : « adenine.pdb ,GUANINE.pdb , cytosine.pdb, THYMINE.pdb » et coller les molécules ci dessous

Laisser les molécules dans des fenêtres ouvertes en « cascade » ; puis ouvrez de nouveau la molécule d’ADN

Sur laquelle vous allez identifier quelques motifs sélectionnés au hasard : Choisir l’icône [pic 12] : sélectionner un élément

Sélectionner un motif en cliquant dessus. Isoler ce motif à partir du menu : choisir Editer et Restreindre. Identifier le motif en comparaison avec les bases. Puis sélectionner : tout [pic 13]et afficher en bâtonnets, et recommencer la manipulation en choisissant une autre base.

Questions :  que remarquez-vous ? a quelle molécule chaque base est-elle accrochée ? …………………………………………

Ouvrez  dans une nouvelle fenêtre le dossier « desribh.pdb »  et le fichier « H3PO4.pdb » et coller les molécules ci dessous

3 . COMMENT CES UNITES S’ENCHAINENT-ELLES ?

Pour comprendre, vous allez repérer les motifs qui se répètent le long de chaque brin de la molécule :

Dérouler le menu [pic 14]et choisissez A   et nouvelle sélection [pic 15] et couleur de la palette « atome » rouge

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