TP n°2 IBIS TP d'introduction à la structure 3D des molécules avec l'outil RasMol
Documents Gratuits : TP n°2 IBIS TP d'introduction à la structure 3D des molécules avec l'outil RasMol. Recherche parmi 298 000+ dissertationsPar dissertation • 19 Février 2013 • 571 Mots (3 Pages) • 1 085 Vues
TP n°2 IBIS TP d'introduction à la structure 3D des molécules avec l'outil RasMol
But
L'idée du TP est de visualiser des structures 3D et utiliser des fonctions de scripting pour visualiser celles-ci mais aussi de faire la relation entre ce qu'on voit.Il existe plusieurs facons de visualiser les protéines. Chaque représentation permet de visualiser un paramètre différent.
I/Chargement d'une structure 3D
La première protéine étudiée est CRAMBIN.Elle possède 46 groupes, 327 atomes et 334 liaisons d'après le logiciel rasmol.
Lorsqu'on clique sur l'atome d'oxygène le plus à gauche on observe :
OH 212
Groupe Tyrosine 29
Chaine A
La représentation en bâtons permet de visualiser les liaisons covalentes entre les atomes. Il existe un code couleur tel que le jaune représente le soufre, le rouge l'oxygène, le bleu l'azote et le gris le carbone. Grâce à cette représentation, on distingue les chaines latérales des acides aminés mais on comprend mal l'accessibilité ni les structures secondaires.
II/Visualisation des ponts disulfures de la protéine
Lorsqu'on tape
SELECT CYS
La fenêtre "répond" 36 atomes sélectionnés (sélection des atomes des Cystéines) puis lorsqu'on tape
COLOR GREEN
on observe une coloration verte des atomes de cystéine puis lorsqu'on tape
WIREFRAME 75
on observe un grossissement des régions cystéiniques puis lorsuq'on tape
RESTRICT CYS
on ne garde que les résidus cystéines.
Comparer par rapport à l'instruction select
SSBONDS ceci sélectionne les ponts disulfures , on en observe 3
COLOR SSBONDS YELLOW les ponts disulfures sont colorés en jaune
SSBONDS 75 les ponts disulfures sont grossis
COLOR CPK les fonctions sont colorées sur les cystines.
Pour connaître les CYS en ponts disulfures menu Option=> sous menu Label (une autre solution consiste à cliquer sur les différentes Cys).
III/Visualiser en couleur les éléments de structures secondaires
SSBONDS OFF (enlève les ponts SS)
SELECT ALL, sélectionne tous les atomes de la protéine
CARTOONS permet de visualiser la structure secondaire avec hélices, brins et coudes
COLOR STRUCTURE colore les hélices et
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